Entre los criterios que debe manejar un partícipe para optar por un fondo u otro deben incluirse las comisiones. A diferencia de otros productos financieros, en los que el pequeño inversor sale peor parado que el grande, las comisiones que cobran las gestoras de fondos nacionales no dependen del volumen de la inversión, sino que son iguales para todos los partícipes (en los fondos extranjeros y sicav un mismo fondo puede aplicar distintas comisiones en función del tipo de inversor al que se dirige). Sin embargo, sí son distintas, dependiendo de la gestora y del tipo de producto, aunque existe un tope máximo por la administración del capital de sus clientes. Los gastos pueden ser de suscripción, de reembolso, de gestión y de depósito.

No obstante, algunas gestoras aplican menores comisiones a los fondos que tienen una superior inversión mínima requerida. De este modo, la gestora beneficia a sus clientes de mayor patrimonio con un menor cobro de comisiones.
En junio del 2000 el Gobierno rebajó por decreto los máximos aplicados en comisión de gestión en las diferentes categorías de fondos. En los fondos de inversión mobiliaria, por la gestión se puede cargar anualmente hasta el 2,25 por ciento del patrimonio o el 18 por ciento de los resultados (antes el máximo era del 2,50 por ciento sobre patrimonio o 20 por ciento sobre resultados).

La gestora puede optar por incluir una tercera variable, que combina el patrimonio y la revalorización. En este caso, el tope máximo es del 1,35 y 9 por ciento, respectivamente. La comisión máxima de suscripción o de reembolso es del cinco y la de depósito, del 0,40 por ciento.
Para los FIAMM o fondos de dinero, las tarifas aplicadas por las gestoras son algo menores. Por suscripción y reembolso puede cobrarse hasta un uno por ciento del valor de la participación. La gestión de los ahorros puede suponer un gasto de hasta un uno por ciento del patrimonio o un 10 por ciento de los resultados. Con anterioridad, los topes eran del 1,5 y el 15 por ciento. En el caso de que se produzca la combinación antes mencionada, los topes ascienden al 0,67 por ciento sobre patrimonio y el 3,33 por ciento de los resultados.

La comisión máxima de depósito es del 0,15 por ciento.
Los Fondtesoros tienen otro tratamiento diferente y sólo pueden cargar un máximo por todos los conceptos. Para los FIM es del 1,7 por ciento sobre el patrimonio y en los FIAMM, del 1,5 por ciento.