La primera modificación importante en la tributación de los fondos se produjo con el Real Decreto Ley de 7 de junio de 1996. El régimen fiscal anterior establecía la aplicación de un coeficiente de reducción sobre la plusvalía de 7,14 por ciento por cada año que excediese de dos. Las plusvalías quedaban, por tanto, exentas de tributación a partir de los 15 años de antigüedad fiscal.

Este coeficiente se eliminó con la nueva normativa, salvo para las participaciones que a 31 de diciembre de 1996 tuviesen una antigüedad superior a los dos años. Para esas participaciones, el coeficiente reductor aplicable es del 14,28 por ciento por cada año que exceda de los dos primeros. De esta forma, las participaciones con una antigüedad de ocho años y un día quedan totalmente exentas de tributación.

Las últimas modificaciones importantes se introdujeron con la Ley del IRPF de 1999 (esta normativa suprime el coeficiente de actualización del precio de adquisición cuya aplicación fue aprobada en el Real Decreto Ley de 1996) y con la aprobación en junio del 2000 del Real Decreto Ley 6-2000, sobre medidas fiscales urgentes (se ha reducido el tipo de tributación desde el 20 al 18 por ciento y el plazo necesario para dicha tributación desde dos años a un año y un día. La retención a cuenta también se ha reducido al 18 por ciento).

Tras estos cambios, la tributación para el partícipe quedaría así desde enero de 1999:
1. Para las participaciones que a 31 de diciembre de 1996 tuvieran más de dos años (compradas antes del 31 de diciembre de 1994), se mantienen los coeficientes reductores. El coeficiente es del 14,28 por ciento por cada año que exceda de dos. No se les aplica coeficiente de actualización.

2. Participaciones adquiridas después del 8 de junio de 1996: no se aplicará ningún coeficiente de actualización, ni coeficiente reductor.
El tipo de gravamen aplicado será:
- Si las participaciones tuvieran una antigüedad inferior al año, el tipo marginal del partícipe.

- A partir de un año y un día de antigüedad las ganancias tributarán al tipo único del 18 por ciento.

Desde el 1 de febrero de 1999, además, en el momento de la venta de las participaciones la gestora del fondo deberá realizar una retención a cuenta sobre las plusvalías del 18 por ciento.

También se ha modificado la compensación de las plusvalías y minusvalías. La base especial opera a partir de un año, por lo que las minusvalías a largo plazo son compensables con plusvalías que tengan sólo 1 año de vida o viceversa.